与美国暴雪娱乐制作的暗黑破坏神II一样，线上和单机的角色资料是分开的。单机游戏是着重故事性的“故事模式”及“特殊模式”(Windows版需要连达网络)，而线上游戏则是另须收费的“连线模式”。连线模式本于游戏发售日(即2006年8月31日)开始服务，但因服务器开始服务后发生问题，所以顺延至2006年9月15日。
2005东京电玩展，世嘉摊位展示《梦幻之星 新宇宙》
本作是继续前作《梦幻之星网络版》（PSO）的游戏系统，是一款全新的“完全的续编”而不是大幅度进化的加强版。游戏的世界观与PSO没有关联，所以即使没玩过PSO也能感受游戏乐趣。被吁为比PSO更接近梦幻之星系列本身的作品。游戏分为“故事模式”、“特殊模式”及“连线模式”，各个模式略有不同。
游戏口号为“全部的RPG已成过去”、“你应该守护的东西是什么？”
故事模式是单机游戏模式之一，主角是因为过去某事而讨厌守护古拉尔太阳系的行星间警卫组织“守护者联盟”的“伊森・韦柏”，他因为宇宙生命体“SEED”来袭令他的妹妹露蜜雅身陷危险的契机，成为“守护者联盟”的一员，与同期的休葛・莱特及教官凯伦・艾拉共同执行任务，“净化”太阳系外来令生物狂暴化神秘的生命体“SEED”、对抗使用古代毁灭技术的敌对机器人部队（同盟军）及宇宙海盗有时既一起又斗争的冒险为故事核心的宇宙歌剧式的动作角色扮演游戏。
故事模式与连线模式的不同之处是伊森的职业而选择的武器和技巧会比较多，而对敌人攻击的耐性亦有所提高，这是所谓的“英雄特权”。
连线模式的升级经验值及货币取得量提高，敌人的强度及游戏的门槛被调低。
故事以章节进行，像日本动画般，“开场短片”→“开始”→“游戏”→“片尾落幕”→“下一章预告”→“储存画面”，与同公司的另一款受欢迎作品“樱花大战”一样。游戏时间大约30～40小时，如果以按攻略快速游戏大约15小时破关。