在影片当中，与之前的5人战队的套路不同的是，本次是由47个不可思议的女孩来组成的，也刚好构成了日本47个道府，这些道府也是声优的出生地。通过召集人们，他们寻求并且根据日本各地的当地特色和众所周知的生活特点来打造当地的魔少女孩，他们拥有着不同的魔法。被称为“祸津日神”的邪恶精神开始在日本蔓延。邪恶的神跟随着人和货物，在全国造成伤害。故事以女主角和她的伴侣、宠物神在森林中醒来开始。还有与其一起的魔法少女的故事，他们都拥有不同的必杀技，来自不同地区的47位魔法少女通过各自不同的必杀技相互配合，通过不断的冒险与挑战，找到对全国造成伤害的邪灵并共同联合起来击败。最终为道府创造和平，维护美好的生活