1995年1月1日母会大埔浸信会在运头塘邨开设基址，名为“大埔浸信会运头塘福音堂”，并于2001年7月30日注册为“运头塘浸信会”，迈向自立。至2012年1月1日，正式自立，并改名为“大埔主恩浸信会”，标志着新一阶段。
我们的主日崇拜，由开基至2004年6月在运亨楼举行，后因地方不敷应用，到2004年7月4日租借保良局田家炳小学礼堂举行。2006年9月3日开设午堂崇拜至今。
感谢主的恩典，我们教会先后有5位弟兄姊妹蒙主呼召，全时间奉献。现有三位在教会牧会，一位院牧，另一位在柬埔寨宣教士。
“大埔主恩浸信会”不单标志着一个新的阶段，也在扩大我们的视野，胸怀大埔整个社区：从服侍运头塘邨这个屋邨，扩展至服侍大埔整个社区，将主恩遍传大埔，让大埔居民藉我们得着主恩，得着生命。
我们的会徽：一本打开的、活动的、蓝色的圣经(蓝色代表活水)，上面有着一个古旧（木的颜色）十字架，代表教会往各处宣讲圣经真理和基督的救恩。一个红色的圆环，红色代表基督的救赎宝血；中间白色代表信徒被基督的血洗净洁白；圆环代表信徒的团结和合一。整个形像，中间仿如有一个“G”字，“G”代表Grace（主恩），“大埔主恩浸信会”的英文名Tai Po Grace Baptist Church。
以圣经真理转化未信者成为委身于基督的门徒：定志爱神、爱人、服侍他人/世界，在社群里彰显基督并发挥正面的影响力。
重点有四：
‘这家就是永生 神的教会、是真理的柱石和根基’ 提前3:15
香港新界大埔运头塘邨运亨楼地下（幼稚园内）