隶属生化恐怖主义安全评估联盟“BSAA”的克里斯‧瑞德菲尔 (Chris Redfield)，依照某个情报前往一个武器走私组织据点的神秘大屋中。克里斯在探索时与国际通缉犯葛伦．艾瑞亚斯 (Glenn Arias)对峙，期间更目睹难以置信的情景，结果被艾瑞亚斯逃跑了。
另一方面，前拉库恩市警察的特殊部队“S.T.A.R.S”成员蕾贝卡‧张伯斯 (Rebecca Chambers) 现以大学教授的身份，经手研究调查“死者复苏、凶暴化”一连串不可思议的事件。但是在投入调查后，她得知了这与“新型病毒”有关，并成功开发出治疗解药。其后研究所马上遭到袭击，蕾贝卡陷入了生命危险。