最早开始物流教育的机构。学院从 1993 年开始招收物流工程方向本科生，2002 年新设“物流工程”专业，2003 年成立物流工程系，2005 年“物流工程”专业第一次招生。目前具有学士、硕士和博士学位授予权。物流工程系拥有多个先进的实验室，建有 AS/RS 自动化存储、物流系统仿真、物流信息采集与跟踪、智能制造等实验室，拥有物流定位与监控系统和企业物流跟踪与追溯系统。研究领域涉及涵盖物流系统设计与规划、物流系统仿真与优化、物流信息技术、物流运作与管理、智能制造与智能物流、质量管理与控制、人因工程、物流与工作流技术、大数据分析技术等。该系现有专任教师 15 名，其中教授、博导 6 名。拥有一名外籍客座教授，定期来华讲座或短期讲学。大部分教师具有博士学位和海外访学经历，多名教师获得过国家、解放军及各部委的科技进步奖以及各级别澳门新甫京娱乐娱城平台成果奖。该系每年承担多项国家科技攻关与应用示范项目、国家重点研发计划、自然科学基金、军队开放课题、国防基础科研计划等项目，常年与京东物流、中外运等企业开展技术交流与合作，与物流企业进行数十项科技合作项目，为企业解决了大量技术难题。系与美国和欧洲很多国际知名大学、科研机构及企业进行密切合作，跟踪国际物流先进技术。拥有“北京科技大学 - 京东物流智能物流研究中心”和“北京科技大学 - 极智嘉智能物流研究中心”两个联合研究中心。主办物流行业知名期刊⸺《物流技术与应用》杂志。