国家层面早在十年前就启动了以增加土壤有机质为重点的“沃土工程”，此后有机肥作为“十一五”重点扶植的肥料品种之一越来越受到党中央的重视，近年来，“中央1号”文件多次提出“鼓励农民增施有机肥”。然而，目前还没有国家层面针对有机肥的补贴，化肥行业享有的能源价格、用电、铁路运输等优惠政策却把有机肥拒之门外（2006年起有机肥免受增值税），有机肥的运输价格比化肥要高一倍，只有部分省市开展了有机肥补贴。最早开展有机肥补贴的是上海市.从2004年试点统一采购1.5万吨有机肥，此后推广数量逐年增加，2009年达到16万吨，2004-2008年有机肥市场引导价为400元/吨，市财政补贴标准时250元/吨，各县区增加50-100元/吨的补贴，有关乡镇在此基础上再给予补贴，2009-2011年的补贴额度为200元/吨。江苏省2006年开始补贴，每吨由省财政补贴150元，市财政补贴50元；北京在2007年开始实施补贴政策，每吨补贴250元，山东省有机肥补贴于2008年起步，每吨补贴300元。北京有机肥示范推广主要针对种植大户和专业合作社（生态农业产业基地），正是有了补贴他们才开始大面积使用有机肥，进而带动周边小农户使用有机肥。