学校财务计划处对除医学院、后勤等非法人的二级独立核算单位之外的资金进行集中核算，对所有所属无法人资格的二级单位的经费实行集中管理。学校以全口径预算为抓手对后勤、基建等实行财务集中管理。
学校财务计划处负责学校基金会的代理记账工作。各附属医院由医学院集中管理，学校负责对医学院财务状况进行监管。学校向直接出资或直接管理的企业派出董事长、财务总监等高管人员，以加强对校办企业的监管。
学校校长主管审计工作，党委副书记、纪委书记协管审计工作。
审计处处长硕士学历、财务会计专业，高级审计师，具有CRMA国际注册风险管理确认师资质。