据估计，约有5%-10%的儿童在接种疫苗后，由于免疫反应能力低下等身体问题，可能无法产生抗体，即免疫失败。
肺炎链球菌疫苗只有保护作用，没有治疗作用。如果婴儿在接种疫苗前已感染肺炎链球菌但尚未发病，接种疫苗后仍可能发病。
肺炎链球菌疫苗不会立即产生免疫力，机体的免疫反应需要一个过程，医学上称之为诱导期。如果宝宝刚好在疫苗的诱导期感染了细菌，可能会因为体内抗体不足而生病。
肺炎链球菌不仅仅是一种细菌，而是一个拥有90多个成员的完整家族。13价肺炎链球菌疫苗和23价肺炎链球菌疫苗，正是通常保护的13种和23种肺炎链球菌。如果婴儿感染了除这些肺炎链球菌以外的物种，他可能会生病。