手术室净化主要控制细菌和菌类。细菌和菌类是不能单独生存的，一般都附着于无机尘粒上面，所以一群带菌微粒通过过滤器时，细菌的过滤效率若和某粒径的微粒的过滤效率一样，这一粒径就是这群带菌微粒的等价直径。
空气的净化是通过控制空气中的含尘浓度来达到净化效果的，净化系统的净化效率取决于过滤器的过滤效率，目前的过滤器根据不同的过滤要求可以分为初效、中效、高中效、亚高效、高效、超高效。手术室净化一般是采用初效、中效和高效三种过滤器。无机和有机的微粒通过过滤器过滤后均能达到降低浓度的效果，这也就是净化系统之所以能降低手术室细菌浓度的主要原因。
由上可知，手术室净化的效果是通过在一定时间的条件下，以洁净空气置换污染空气的含尘浓度、含菌浓度，使其达到规定的限值，从而保证手术的净化效果。但净化系统并不能杀灭生物微粒，只是将其数量降低到一定程度。由于过滤系统的材料抑制洁净空气中仍然可能带有生物微粒，加上室内的人员发菌量也不能完全地置换掉，所以洁净手术室仍要坚持常规消毒，把空气净化作为常规消毒的辅助手段。