微生物实验室设有制剂室、灭菌室、无菌室、恒温培养室和综合实验室。这些房间的共同特点是地板和墙壁光滑坚硬，设备简单易清洁。

制备室用于培养基的制备和样品的加工。室内设有试剂柜、器皿或材料存放台、试验台、电炉、冰箱、下水道、电源等。准备室还用于清洁用具等。室内应提供加热器、蒸汽机、洗涤用具的锅和桶、瓶刷、洗衣粉、肥皂和洗衣粉。

无菌室又称接种室，是进行系统接种、菌种纯化等无菌操作的专用实验室。在微生物工作中，细菌的接种和移植是一项重要的操作，其特点是保证细菌的纯度，防止杂菌污染。在一般环境的空气中，有很多灰尘和杂菌，容易造成污染，对接种工作干扰很大