本系的研究主轴在于分析研究中草药的基源鉴定

本系的研究主轴在于分析研究中草药的基源鉴定，成分分离分析与药理活性的研究。

中草药的基源鉴定，是为了保护中草药之原生种或稀有种等遗传资源，确保新品种之知识产权，及因应未来有机栽培、标准化优良栽培及生产履历制度之需要，必须加强中草药基原或品种鉴定。本系除利用传统之外观鉴定外，采用DNA 分子鉴定技术，为符合中草药分子鉴定之发展之需要，已建立重要中草药植物之分子鉴定技术及DNA 指纹数据库，进一步发展核心分子标志(core markers)以提高鉴定效率，将有助于带动中草药基因体之研究与应用。

中草药的成分分离分析，利用极性差异进行目标物的萃取、分离、与纯化，而直到纯化合物取得后，才能进行分子结构解析与进一步的活性评估。整体的研究过程常需借助各式的分离技术协助以追踪活性成分，如薄片层析(TLC)、核磁共振仪 (NMR)、液相层析仪串连紫外光谱仪 (UV)、二极管阵列 (DAD) 甚至质谱 (LC-ESI(+)-MS/MS) 等。本系利用开始应用质谱辅助分离，如LC-ESI(+)-MS/MS，等分离技术，分析分离活性成分且已开始相关的分子游离片段之数据库建立。提升中草药活性成分分析分离研究是我们所迫切需要的。

中草药的药理活性的研究，本系利用探讨中草药的活性层与活性化合物之药理作用机转、毒理与动物模式验证等前临床试验研究。除利用分子生物学应用在现代药理学研究外，还利用影像分析系统对于细胞和动物实验加以分析，以达到体内和活体研究同步进行，还可进行对于中草药的代谢追踪。