在昭和36年作为佐世保市亚热带动植物园而开园。

因为处在石岳山的半山腰，所以被市民赋予“石岳动植物园”的爱称。

平成23年，以开园50周年为契机改名为西海国立公园九十九岛动植物园，同年7月赋予“森闪闪”的爱称。

位置处于佐世保市的中心部西侧，能够眺望九十九岛的高台的宽敞园内有小朋友们喜欢的长颈鹿等动物。观赏温室及园内各处栽培著各种植物。到了开花的季节，玫瑰花香四溢的玫瑰园也是非常有名的。

平成26年新建的“企鹅馆”，馆内设有日本最大的天井水槽和深4米的深水槽，还有能近距离看见企鹅脚丫的极浅水槽等等，能从各个角度感受企鹅无处不在的魅力。

开工。原日本海军设施部工人宿舍旧址。

开园。作为长崎、佐贺两县首个真正意义上的动植物园而备受欢迎。

通过公开招募，爱称确定为“森闪闪”。