建所以来，基因组所已获得科技项目经费4.8亿元，其中国家级项目52项，其中国自然重大项目2项、优青2项、国家重点研发课题子课题14项、面上和青年基金项目27项、广东省重大科研项目1项、深圳市海外高层次人才团队3项。

建所以来，基因组所已申请专利60项，授权专利9项，获得软件著作权31项，培育4个国审品种，13个省审品种。

2014年，熊国胜和樊伟的研究成果获得“中国科学十大进展”。

2016年，黄三文获得“周光召基金会基础科学奖”。

2018年，黄三文获得“何梁何利基金”科学与技术进步奖。

2019年，左二伟团队研究成果入选“2019年度中国生命科学十大进展”。

2019年，黄三文团队研究成果入选“2019中国农业科学十大进展”。

基因组所迄今为止共推广农作物及畜禽新品种15个，农作物推广面积216万亩。