为了科学公正的评价项目合作医院实施微笑列车唇腭裂修复慈善项目情况，更好的开展微笑列车唇腭裂修复慈善项目，由项目医学专家指导委员会制定项目合作医院管理办法，对项目合作医院实行动态管理，即：加入合作的医院的申请和认定、现有合作医院的终止合作认定、级别变更以及手术范围调整。
1.由中华口腔医学会、项目医学专家指导委员会提出的《项目合作医院入选、定级标准》及《美国微笑列车基金会唇腭裂修复慈善项目合作医院申请表》已报国家卫计委确认备案。
2.申请医院依照《项目合作医院入选、定级标准》填写《美国微笑列车基金会唇腭裂修复慈善项目合作医院申请表》，并将由省级卫计委和该医院盖章的原始表格寄至微笑列车基金会（美国）北京代表处。
3.微笑列车项目合作医院的认定和定级原则上须在项目医学专家会上进行；如有特殊需要，微笑列车基金会（美国）北京代表处可协调项目医学专家指导委员会的分管专家对所推荐医院进行初步筛选与定级。通过中华口腔医学会和微笑列车基金会（美国）北京代表处报国家卫计委确认备案。
4.医院签署《微笑列车唇腭裂慈善项目医院合作协议》；各项目参与方按照签订的《微笑列车唇腭裂慈善项目医院合作协议》各司其职。
微笑列车基金会（美国）是一家专注于帮助罹患唇腭裂的儿童，以可持续的方式救治并解决唇腭裂这一疾病的国际儿童慈善机构。在发展中国家中，数以百万的唇腭裂患儿生活在自卑羞愧的阴影下，更严重的是，这些罹患唇腭裂的儿童在进食、呼吸和说话等生活所需具备的基本功能方面都存在着严重的问题。唇腭裂修复手术简单易行，且立竿见影。我们秉承“授人以鱼且授人以渔”的理念，在全球超过85个国家培训并资助本地医生的以可持续的方式提供100%免费的唇腭裂修复手术。