自创所以来，透过多年努力，本所教师国际合作大幅增加。除了过去与香港中文大学和南安普顿大学的联盟外，本所还扩大了与东京大学，东京艺术大学和首尔国立大学的联系。因此，2016年在本校开启了亚洲音乐学领域领导学校间的研究生论坛，2018年由香港中文大学在香港续办。此外，德国波昂大学和丹麦奥胡斯大学等欧洲学术机构也邀请本所加入他们的计划。
本所教师各有其地区性的学术交流，如沈冬老师与中国多所大学合作；王樱芬教授与日本大学及博物馆合作；陈人彦副教授与美国及欧洲大学合作；山内文登副教授与韩国及日本大学合作；杨建章副教授与德国大学的合作等。目前学术交流单位包括以下 :