《纳米核心》是一部科幻冒险题材的TV动画，故事的舞台设立在一个架空的星球——元星（Birthigin）。在这颗年轻的星球上，人类对未知的憧憬从来不会随着理性或者恐惧而止步一次次的进化与变革中，人类不断挑战造物主的行为终于导致了矛盾的激化。为各自理想而争斗的人们，以信仰代替笔墨，将和平时代划上句点的同时也点燃了星球的怒火，导致紫雾危机（Purple Fog）爆发。在人类面临生存危机的时刻，精英阶层所开展的N.S.P.计划却一度受挫，直到在“纳米核心（Nanocore）”的介入下迎来“他”的诞生。这个本该是被精英阶层看做人类兵器未来进化方向的存在，却挣脱了自己命运的枷锁，来到一片失去信仰的土地上。“他”在成长中做出选择，在选择中逐渐成长，元星那浑浊的未来也因此而发生改变。