莉莉的父母开了一间家庭动物园，为了要扩大规模，他们要去非洲寻找 野生鳄鱼，于是暂时将动物园和女儿莉莉托付给老船长费迪照顾。

费迪和他太太茱丽叶、小孩汤姆，一家三口就住在不远小山丘上的谷仓内。

某夏日午后，汤姆和莉莉到池塘边玩耍，听见一群青蛙发出了惊人预言:

“一场大浩劫即将发生，老天将连续下40昼夜的大雨，大洪水将淹没全世界！….”说时迟那时快，

大雨哗啦哗啦地开始下个不停，老船长费迪连忙将动物们赶到谷仓内避难，大水顿时淹过山丘，

谷仓成了避难小舟，这场漫长的漂流旅程于是展开…。不幸的是，谷仓内只有一种食物－马铃薯，对于费迪一家及草食动物们而言还算OK；

但肉食动物就只好对其他的小动物们虎视眈眈了…。

当老船长费迪和他太太被大水冲走后，汤姆和莉莉两个小朋友就必须开始面对这场人生中最大的挑战，

他们将如何以无比的智慧及勇气，带领动物们走出困境呢？