2000年：调整为江苏省与审计署合作共建、以江苏省管理为主；
2002年：原南京金融高等专科学校并入，组建新的南京审计学院；
2009年：经国务院学位委员会批准，学校被列入新增硕士学位授权立项建设单位；
2011年：学校被国务院学位委员会批准成为全国首批审计硕士专业学位授权单位；
2011年：教育部、财政部、审计署和江苏省人民政府共建南京审计学院；
2013年：学校正式获批为硕士学位（学术学位）授予单位，工商管理、应用经济学、理论经济学3个一级学科被批准为授权学科；
2014年，学校获批为金融、会计专业硕士研究生培养单位；