哈尔滨工程大学前身是创建于1953年的中国人民解放军军事工程学院（“哈军工”）。1970年，以海军工程系全建制及其他系部部分干部教师为基础，在“哈军工”原址组建哈尔滨船舶工程学院；1978年，被国务院确定为全国重点大学；1982年，成为首批具有博士、硕士学位授予权的单位；1994年，更名为哈尔滨工程大学；1996年，进入首批“211工程”建设高校行列；2002年，由国防科工委、黑龙江省人民政府重点共建，同年被教育部批准试办研究生院；2007年，由国防科工委、教育部、黑龙江省人民政府、海军共建，同年教育部批准正式建立研究生院；2011年，进入国家“985工程”优势学科创新平台项目建设高校行列；2017年进入国家“双一流”建设行列。