民国61年（1972）7月卫生局在忠孝路的前卫生院房舍增设附属的结核病防治所，民国69年（1980），迁入卫生局于马公市忠孝路1号新建的办公厅舍。结核病防治所由卫生局局长兼任所长，下设预防、治疗、总务三组，由防治所医生、卫生局课长兼任，另设医师、公共卫生护士、技术员、检验员、事务员各一人，开放门诊，免费治疗。民国74年（1985）结核病防治所迁到西文里118-2号，民国78年（1989）2月更名为澎湖县慢性病防治所，同时迁回中正路115号的卫生局办公大楼一楼，民国84年（1995）又迁回西文里118-2号迄今（洪文源、叶茂生2005：443）。