本院骨科成立于71年10月，原隶属外科部，84年6月在前杨大中院长支持下独立为一级单位，并于92年2月奉行政院退辅会核定扩编为骨科部。本部主要业务为医疗、教学、研究及执行内政部指定之兵役体检作业，同时为提升医疗品质，96年已朝次专科化分科，计有关节重建科、脊椎外科、骨折创伤科、骨病科四科， 102年11月1日组织再造成立次专科运动医学科，于103年2月6日研究部招募契约副研究员苏国志博士，并成立骨科生物力学研究室，以加强相关之研究及新式骨材之开发，另外积极发展手外科及足踝外科，并于107年11月成立次专科手足踝外科，目前规划未来之发展方向包括小儿骨科等。

本部成立时即由李土生主任领导，至98年7月荣退，并于98年8月由原埔里荣民医院副院长黄揆洲接任部主任。黄主任于105年7月退休后，由原脊椎外科李政鸿接任部主任迄今。本部目前之发展方向除了重视整体医疗服务质与量之成长外，亦着重各次专科之均衡发展，住院医师及新进主治医师之专业技能训练，每位主治医师皆有二个次专科之专长，每周门诊二次，对各种疾病患者提供更深入之创新医疗及加强各领域之教学与研究，并积极争取与各医疗机构、学术单位及学会之合作交流机会，以真正落实本院以医疗服务、教学及研究为主轴之三大任务。