劝奉堂制药前身为＜劝奉堂药房＞，于西元１９０５年（日治明治３８年）在台北艋舺天后宫（启天宫）旁，仁济院对面之龙山寺町三丁目五十三番地（台北市万华区广州街２４９号）由国医刘石泉（清朝淡水衙门师爷）辅导下由黄石头先生开设，并制售“牛标”目药膏、胃肠药，至１９７１年（民国６０年）间，牛标目药膏在台普及畅销，广受医药界支持及鼓励，并造福良多患者。
民国63年元月，为扩大营业，改组为劝奉堂制药股份有限公司，迁厂至台北市士林区社子街22巷22弄33号。
民国64年7月，取得药厂许可证，核准制造药品，剂型为粉、胶囊、软膏、眼药水等。
民国65年9月，获准增加抗生素制剂 (软膏、胶囊、眼药水)、内服液、外用液、锭剂、丸剂等剂型。
民国71年5月，政府订定GMP 制度并公告实施，本公司即开始按GMP规范着手筹划。
民国80年2月通过GMP查厂评审。获准制造中西药剂型有软膏、胶囊、颗粒、锭剂、丸剂、散剂等。
民国87年4月申请于桃园县观音乡广兴村沟尾32-1号设立桃园厂，并于6月2日获准设立。
民国90年7月20日桃园新厂接受硬件查厂。
民国90年7月31日桃园厂获准通过硬件查厂，并于8月9日取得工厂登记证。核定剂型有传统剂型：碎片剂、外用粉剂、散剂、胶囊剂、丸剂、颗粒剂、锭剂、膜衣剂、内服液剂、外用液剂、膏药剂等；浓缩剂型：散剂、胶囊剂、丸剂、颗粒剂、锭剂、膜衣锭剂等。
民国91年9月12日桃园厂申请软件查厂。
民国91年10月28日桃园厂获准通过GMP软件查厂评鉴。
民国93年2月获核定增加制售食品及化妆品。