学校坚持科技兴校战略，以博士学位授权学科为引领，推进学科内涵建设，凝练学科方向，打造特色学科专业，为人才培养和地方特色产业需求提供了重要保障。学校现拥有中医学、中药学2个一级学科博士学位授权点和博士后科研流动站，10个二级学科博士学位授权点，4个一级学科硕士学位授权点，35个二级学科硕士学位授权点，5个专业学位类别；2个省级重中之重一级学科，3个省优势特色重点学科，19个国家中医药管理局重点学科；有52个国家级和省部级科研平台；建有“长白山现代中药协同创新中心”和“创新药物孵化（吉林）基地”，取得了一批原创成果，引领了学术前沿。“十二五”期间，承担包括国家973项目、国家支撑计划、重大药物创制、国家自然科学基金等重大重点项目在内的各级各类项目953项；各类科研经费达2.33亿元；获得省部级以上科技进步奖、自然科学学术成果奖262项。其中，王之虹教授作为首席科学家主持的国家重点基础研究发展计划（973计划）项目“腧穴配伍方案优选及效应影响因素研究”填补了吉林省省属高校的空白。