为突破煤炭运输瓶颈，公司建立了铁路、公路及配套设施相结合的完整运输体系，并通过自建和参股的形式积极推进配套铁路的建设，提高了当地煤炭运销能力。公司现有控股并投入运营的铁路主要有3条：准东铁路（191.79公里）、呼准铁路（237.94公里）、酸刺沟煤矿铁路专用线（26.85公里）；在建的有大马铁路、塔拉壕煤矿铁路专用线及红庆河煤矿铁路专用线。同时，公司还参股准朔铁路（占股18.96%）、新包神铁路（占股15%）、蒙西至华中铁路（占股10%）、蒙冀铁路（占股9%）、鄂尔多斯南部铁路（占股10%）建设。此外，公司还在优质煤炭富集的纳林庙地区建成了全长152.49公里的曹羊公路及多条矿区公路。