氟塑料磁力泵在应用中，需要注意的事项不少，例如：不允许铁磁性杂质或颗粒进入磁传动和轴承摩擦副。输送易结晶或沉淀的介质后，及时冲洗停泵，并向泵腔内注水。运转1分钟后，应将其排放干净，以保证滑动轴承的使用寿命。输送含有固体颗粒的介质时，应在泵流量管进口处过滤。

其次， 磁矩的设计不能太小。应在规定的温度条件下操作，严禁介质温度。磁力泵隔离套外表面可安装铂电阻温度传感器，检测环隙区域的温升，当温度超过限制时报警或停止。

严禁空转、严禁介质撤离。在出口阀门关闭的情况下，泵的连续运行时间不得超过2min，以防止磁力执行机构过热和故障。

由于磁力泵泵腔中存在一定的系统，磁力泵采用“静态轴承”，这一系列泵不能用于有压系统，正压和负压都不可行。

由于磁力泵轴承的冷却和润滑依赖于被输送的介质，因此禁止干运行，同时，停电后重新启动电源时会造成空载运行。如果输送的介质中含有固体颗粒，则必须在泵入口添加过滤器;如果输送的介质中含有铁磁性颗粒，则必须添加磁性过滤器。使用中的泵的环境温度应低于40°C，电机的温升不得超过75°C。

对于易沉淀、结晶的介质，使用氟塑料磁力泵后应及时清洗输送液体，将泵内积聚的液体排出。