利用激光施打于皮肤的毛发部位，由于毛囊具有黑色素，在吸收激光光能后转化为热能，进而破坏附近的毛囊干细胞，使该根毛发在未来无法持续生长，故可达到激光除毛效果。由于激光的热效应可能会造成皮肤的疼痛感，激光除毛前先敷上一层外用的表皮麻药，可降低治疗的疼痛程度。

毛囊干细胞位于两处，一处位于毛球，另一处则在毛发隆起部位，除去毛球的干细胞只能造成早发性的暂时性脱毛，必需去除毛发隆起部位的毛囊干细胞，才有永久除毛的效果。

然而毛发具有生长周期的特性，体表的毛发，在同一个时期，同时具有不同生理阶段的毛囊细胞，包括生长期、过渡期与休止期，激光除毛需借由毛囊的黑色素达到破坏毛囊干细胞的目的，所以需针对生长期的毛发，且经多次处理，确保所有不同周期的毛囊都遭受破坏，才有较佳的效果。