当室内含量为0.1毫克/立方米(PPM)时就有异味；0.5PPM时可刺激眼睛引起流泪；0.6PPM时引起咽喉疼痛；浓度再高可引起恶心、呕吐、咳嗽、胸闷、气喘甚至肺气肿；当空气中达到230PPM时可当即导致死亡。长期吸入低剂量甲醛可以引起慢性呼吸道疾病、结膜炎、咽喉炎、哮喘、支气管炎等慢性疾病。
食入含有甲醛的食品会直接产生中毒反应，轻者只有口腔、咽、食道、胃的黏膜刺激，较重者有头晕、咳嗽、呕吐、上腹疼痛。重者会出现大量肠胃出血、昏迷、休克；导致肺水肿、肝肾充血及血管周围水肿。且还会损伤人的肝肾功能，可能导致肾衰竭，一次食入10至20毫升会会出现昏迷、休克致死。如果消费者因食用含有甲醛的食品而出现上述症状，应立即饮用300毫升清水或者牛奶，起到稀释和在胃里形成保护膜的作用，减少胃的吸收。症状严重的要立即去医院治疗。
会使得女性月经紊乱、妊娠综合症，引起新生儿体质降低、染色体异常。甲醛还有致畸、致癌作用。高浓度的甲醛对神经系统、免疫系统、肝脏等都有毒害。据流行病学调查，长期接触甲醛的人，可能引起鼻腔、口腔、鼻咽、咽喉、皮肤和消化道的癌症危险性增加。