去离子纯水机在微生物培养实验中，所用到的培养基中必须要提供细菌生长繁殖所需的营养物质。其中主要包括水、糖类、无机盐类和生长因子等，这些营养物质能够给细菌提供碳源和氮源，以此合成各种代谢产物和原生质，从而产生能量供给生命活动的需要。此外，其所用的水中也不能含有各种离子、无机物、颗粒物、微生物等杂质，去离子纯水机这些物质的存在会严重影响到微生物的生长。目前，微生物培养基用水大都是由去离子纯水机制备所得。
现在市场上的去离子纯水机质量良莠不齐，如果选择的去离子纯水设备质量存在问题的话，将会直接影响着微生物培养实验的进行，因而在选择去离子纯水机的时候一定要慎重。
去离子纯水机所制备的纯水，除了可以作为微生物培养基中的水，还可以用来洗涤实验中所涉及到的器皿，去离子纯水机以此为微生物的培养实验提供了双重保障。