药用型GMP烘箱配有数字恒温器，可调节温度，通常为50至300摄氏度，它还采用双层设计，外层为金属，内层为不良导热体，因此可保留热量并降低能量输出。两面墙之间的空间充满空气，以提供额外的隔热效果；在药用型GMP烘箱内，风扇均匀分布热量。

必须对烘箱进行预热，以确保完整的灭菌周期有效；完整的灭菌周期包括将烤箱预热至所需温度，确保温度保持不变，关闭机器，然后让物品在封闭的烤箱中冷却至室温。传统的药用型GMP烘箱需要大约90分钟才能完成灭菌周期，然而，还有其他烤箱使用更高的热量来缩短灭菌周期。

药用型GMP烘箱的优点包括：与高压灭菌器相比压力增加较少，灭菌过程中不需要水，它们比高压灭菌器小，并且它们非常有效。