2016年及以后年度到期应收回的中央财政有偿资金，由财政部每年办理中央与地方财政年终结算时，以扣款的方式收回。

地方各级财政部门收到农业综合开发转移支付资金后，经批准终止项目（含部门项目，下同）的中央财政资金，由同级财政部门收回统筹使用，重点保障农业综合开发工作。

新疆生产建设兵团和农业部所属农垦总局需要终止并调整项目的中央财政资金，按照中央部门预算管理的有关规定执行。

已分配到项目单位的农业综合开发项目结余资金和连续两年未用完的结转资金，由同级财政部门收回统筹使用。

因违规违纪问题应追回的农业综合开发转移支付资金地方农业综合开发机构及有关部门自行查出的，由同级财政部门收回；国家农业综合开发办公室及中央有关部门组织查出的，由省级财政部门负责追回，并由财政部在每年办理中央与地方财政年终结算时，以扣款的方式收回。

新疆生产建设兵团和农业部所属农垦总局应追回的农业综合开发违规违纪资金，由新疆生产建设兵团和农业部负责追回并上缴中央国库，冲减原预算支出科目。上缴时填写汇款单，“收款人全称”栏填“财政部”，“账号”栏填“170001”，“汇入行名称”栏填“国家金库总库”，“用途”栏填应冲减的支出科目名称及编码。