保税物流是现代物流产业发展的一种新兴形态。深圳海关支持企业在保税区、出口加工区等特殊监管区域拓展保税物流功能，满足了即时生产、零库存、网上订货等新型生产、运输和经营方式的需求。深圳海关还在支持下鼓励和引导企业在海关特殊监管区域和保税监管场所内设立高端产品研发中心、检测维修服务中心并开展仓储、配送、分拨等物流服务，以此延长产业链，提高附加值，有效地帮助企业降低经营成本。
依托珠三角的区位和的海港优势，近年来深圳已基本建成了集装箱枢纽港、华南地区航空门户机场和亚太地区重要的物流枢纽城市。深圳物流的运行效率全国，已经接近全球中等发达国家的物流运行水平，截至2010年，深圳市物流企业增加值达到900亿元，占GDP比重为9.67%，同比增长14.07%。为了推动深圳现代物流业的持续快速发展，增强物流业对深圳经济增长的拉动作用，深圳海关不断改革创新，努力推动深圳发展建设成为一个国际性物流枢纽城市。
圳海关支持企业在保税区、出口加工区等特殊监管区域拓展保税物流功能，满足了即时生产、零库存、网上订货等国际新型生产、运输和经营方式的需求。深圳海关鼓励和引导企业在海关特殊监管区域和保税监管场所内设立高端产品研发中心、检测维修服务中心并开展仓储、配送、分拨等物流服务，以此延长产业链，提高附加值，有效地帮助企业降低经营成本。作为深圳的保税港区，一年来，前海湾保税港区各项业务迅猛发展，码头吞吐量近180万标箱，业务量居全国。目前，深圳海关会同有关部门正在着手研究保税港区新增业务类型的需求，拓展保税加工、检测维修、展览展示等保税港区新功能，为保税港区二期建设提前做好准备。
深圳海关与内地海关开展联运监管业务，也深受企业欢迎。今年4月，深圳海关与西安海关开展监管袋方式空陆联运转关业务，通过“陆运－国内直达航班空运－陆运”的空陆联运方式，企业通关时间由以往3天左右缩减至1天。5月，又与重庆海关开通渝深海铁联运业务，5月19日富士康代工制造的惠普产品集装箱铁路专列由重庆出发，抵达深圳盐田港后转由海运出口欧洲，企业产品物流更加畅顺。
1、可有利于缩短进口资金占用时间。直接进口原料往往需要批量采购，资金占用量较大；进口数量大则生产周期长，资金占用的时间也长，不利于中小型企业开展贸易。公共保税仓库的设立，有利于这一状况的改善。
2、可减少企业缴纳保证金的数量，有效提供企业资金的使用效率。加工贸易进口国家限制类商品，需向海关缴纳50%税款保证金。公共保税仓库的设立，企业可小批量采购原料，缩短进口原料到成品返销的周期，从而减少保证金缴纳的数量和提高资金的利用率。