《红色警戒 3：起义时刻》将玩家引入的是《红色警戒 3》壮丽战役之后的故事，现在苏联刚从决战中元气大伤，旭日帝国拼命地尝试重新夺回荣誉和地位，同时看上去获胜的盟军正发现自己的部队处在贪污和谎言之中。
盟军在列宁格勒的决定性胜利，为欧亚大战划上了休止符。战争已经结束…但麻烦才刚刚开始。
现在，胜败双方都在秘密图谋如何于新世界秩序中取得优势：盟军在前宿敌的协助下，试图摆平占领区内的狡猾敌人。盟军在俄国内地的非法行动，有可能重蹈俄军侵略行径的覆辙。
被击败的帝国军队，在西方征服者的无意“协助”下，躲开了滨海的新威胁。此外，在一座隐密的实验室里，帝国科学家将一名年轻的女学生变成某种人见人怕的玩意儿。
就在这些新冲突席卷全球之际，有件事情变得十分明朗：战争尚未结束，只是型态改变。