众所周知苗圃的助学善款跟运作经费是分开筹募的。大众捐赠的一分一毫助学善款，均100%用于助学项目、用于受惠者身上，不能从中扣除任何百分比用作会方运作经费或活动经费。
但巧妇难为无米炊，有了助学善款亦需要运作经费来跟进助学工作。运作经费主要分为本会的行政开支包括租金、薪金、宣传等，以及跟进助学项目的运作支出。虽然苗圃有大量义工协助，但义工的时间未必可以完全配合助学工作，本会职员便需要负责与资助地区作联络、项目跟进、实地考察等工作。运作经费向来较助学善款难于筹募，所幸多年来得到各名誉理事出手相助，默默的捐款支持本会。亦有一群热心的单车义工，每年筹办单车助学行活动为本会筹募经费。没有运作经费，助学工作便难以推展，因此，支持本会的运作经费，亦是助学的一部分，是十分重要的捐助。
苗圃的善款运作一直公开透明，收支和审计报告公开在苗圃网页予公众查核。自成立至今，每年善款收支结算均依法例由德勤．关黄陈方(Deloitte Touche Tohmatsu)会计师行进行核数。
获豁免缴税的慈善团体参考编号 : 91/3859