绿金院实行理事会与学术委员会指导下的院长负责制，下设研究中心、实验室、国际合作部、绿色金融成果转化中心、 教育中心、传播中心、院办公室及绿色金融青年国际研究会。其中，研究中心下设绿色金融研究中心、能源金融研究中心、气 候金融研究中心、ESG 研究中心、绿色“一带一路”研究中心、艺术品金融与慈善财经研究中心。实验室下设绿色金融产品 创新实验室、绿色债券实验室、健康金融实验室、绿色金融科技实验室和绿色贸易融资实验室。传播中心下设期刊与宣传部、 新媒体实验室、网络与数据库运维部。绿色金融青年国际研究会是在研究院指导下运行的学生社团组织。