这要分两个部分来讨论，端视检查部位是在器官空腔的黏膜部分或是体壁及体壁外部分而定。腹腔中的空腔器官，指的是胃部以及肠道，一般而言，无论是发炎或肿瘤，疾病多由黏膜部分开始发生。影像学检查，包括上述超音波检查、电脑断层检查、以及磁振造影检查，对于胃肠道黏膜细部构造的呈现，均有其限制性，即使是使用钡剂对比检查，亦因侦测胃肠道早期黏膜病变功能的敏感性不及胃肠(内)视镜高，因此无法取代胃肠镜检查。所以如果要侦测黏膜发炎或早期肿瘤，主要还是依赖内视镜检查。不过，针对胃肠道的黏膜下肿瘤，或是位于肠系膜的病灶，胃肠镜检查则一筹莫展，此时电脑断层及磁振造影检查的高清晰度，就可以提供重要的影像资讯，当然此点也远优于同属影像学检查的超音波及完胜钡剂对比检查。