公元20XX年，人类与机器共存的世界里，拥有人工智能的机器人已经融入社会中。邪恶科学家威利博士却在此时因年轻时的一场噩梦而想起当年遭冻结的研究，并决定以此研究作为再度袭击和平的机器人社会的武器。
而该研究是‘双重齿轮系统’。是让机器人的能力能够飞跃性提升的装置，最初是威利博士在学生时代所架构的装置，用以达成自身研究的最终目的，但此装备拥有过高性能并伴随危险性，结果遭到身为同窗的莱特博士反对，此研究后来更遭大学的教授们宣告冻结。结果此事以后造成两人立场相左，可算是威利博士如何走上罪恶的不归路起点。
随后，威利博士便带着装有此系统的飞行器，到莱特博士的研究所对其宣战，并夺走了在研究所检修中的八名机器人。莱特博士为了对抗此事态，而决定把过去威利制作的‘双重齿轮系统’试作机装到洛克人身上。究竟洛克人能否阻止威利博士的野心呢？决定命运的齿轮将再度转动。