硫酸软骨素作为保健食品或保健药品长期应用于防治冠心病、心绞痛、心肌梗死、冠状动脉粥样硬化、心肌缺血等疾病无明显的毒副作用能显着降低冠心病患者的发病率和死亡率。长期的临床应用发现在动脉和静脉壁上沉积的脂肪等脂质可以被有效地去除或减少能显着降低血浆胆固醇从而防止动脉粥样硬化的形成。
硫酸软骨素用于治疗神经痛、神经性偏头痛、关节痛、关节炎以及肩胛关节痛腹腔手术后疼痛等。
预防和治疗链霉素引起的听觉障碍以及各种噪音引起的听觉困难、耳鸣症等效果显着。
对慢性肾炎、慢性肝炎、角膜炎以及角膜溃疡等有辅助治疗作用。
近年来报道鲨鱼软骨中的软骨素有抗肿瘤的作用。此外硫酸软骨素还应用于化妆品以及外伤伤口的愈合剂等。
硫酸软骨素还用于滴眼。