虽然在台湾只有短短两年的时间，原因是师母在台湾生第四胎时，不幸患产后褥过世，华雅各医师于是带着幼儿回到加拿大；当他尝试要再次回到台湾宣教时，却遭到总会

拒绝，理由是马偕认为他与华雅各势不两立。根据Formosa Mission的记载，两位牧师曾因为盖造医疗大楼意见相左。也有一说两人的争执点在对于谁才是淡水宣教区的创始人，

但1876年9月25日华雅各写信给母会澄清，当他人还在加拿大时，淡水的布教事业及医疗服务，已由马偕牧师创办了。

加拿大总会对两人的是非，留下一句讽刺的评语： 华医师最大的不是，是太努力工作了。留给后人无限的揣测。

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