以池沼、草泽、泥滩地等环境构成多样的生态环境，是关渡保育目标物种的主要栖息地，因此是不对外开放的管制保护区，但您可以从自然中心透过高倍望远镜观察。
位于公园南界与堤防间，分为东南及西南二处赏鸟广场，里面设有草坪广场、步道及赏鸟墙。此外，亦可由堤防上饱览保育核心区的风光以及外侧关渡自然保留区的红树林生态。关渡自然保留区面积共55公顷，目前由台北市建设局管理中。
包括园区东侧的稻田区及水磨坑溪水域及溪岸。园区保留关渡传统的稻田湿地，并且设有人工湿地来净化水磨坑溪的溪水，以追求人为经营与自然生态共荣的目标。
为永续经营区内，需由解说员带领进入，本区以自然的方式净化水磨坑溪的农业污水，为湿地提供洁净的水源，也保留了部分水田供农事体验之用。学员可以在辅导员的引导下种植稻米、莲藕、菱角、茭白笋等水生作物，重新建立密切的人地关系。