《伟大的隐藏者》是根据2010年漫画家Hun的同名网络漫画改编而成，以潜伏在首尔贫民区的北韩精英部队间谍“人体兵器”元流焕（金秀贤饰）为主角，讲述了他在和善良热心的邻居们接触的过程中，逐渐对自己的信念产生质疑，并由此引发的一系列故事。演绎《拥抱太阳的月亮》及《神偷大劫案》等作品人气节节攀升的金秀贤，在此片中同时演绎可爱的“村里傻子”与魄力十足的“冷酷间谍”两个面貌。
元流焕接受代号“赤壁花”的潜行任务，潜入京畿道富川市的月亮村，在当地与村民们打成一片，并暗中收集韩国民众的政治军事倾向及理念，向北韩进行汇报。元流焕作为间谍活动的最大原因除了是对祖国的忠诚，也是为了守护身在祖国自己母亲的安全。因长时间的韩国生活及善良热心的邻居，让他逐渐对自己的信念产生质疑。
元流焕与化身为吉他手并成为偶像歌手培训生的黑龙组第三代组长李海浪（朴基雄饰）以及五星组第四代组长李海真（李玹雨饰）是影片中的三名花美男间谍，而他正是三人组中的领袖式人物。影片主要讲述以元流焕为首的南派间谍花美男三人组潜伏的经历，以及他们被祖国抛弃后所发生的一系列故事。