定制开发一款软件相较于开发一款普通软件明显需要更多的资源来设计。根据用户的需求，需要更多的开发时间和精力，导致成本的增加。根据用户所开发的不同，定制软件开发的风险也有所不同，企业必须对自己的需求以及想要的最终产品如何满足需求有较深的了解。如果频繁地改变风险可能会导致最终产品与原始需求的不同或不足。可能会出现测试阶段没有出现的bug、系统故障等问题，而且在使用过程中，用户随时会提出很多类似功能需求，也就需要软件商进行相应功能的升级。这种完全个性化的信息化系统开发，从模块设计、软件维护乃至后期的功能升级，一切都要另起炉灶，所以开发成本很高，而且由于所开发的系统没有经过长时间的检验，很难保证系统功能设计的稳定性。