截至2013年，对转基因食品尚无明确分类，根据惯例按不同标准可进行不同分类。 [4]
根据转基因食品中是否含有转基因源为标准可分为如下三种不同类型：
（1）食品本身不含转基因的转基因食品，是指食品尽管来源于转基因生物，但其产品本身并不会有任何转移来的基因。
（2）转基因食品中确实含有转基因成分，但在加工过程中其特性已发生了改变，转移来的活性的基因不复存在于转基因食品中的转基因食品。
（3）转基因食品中确实带有活性的基因成分，人们食用这种转基因生物或食品后，转移来的基因和生物本身固有的基因均会被人体消化吸收的转基因食品。 [4]
根据转基因食品来源的不同可分为如下三种不同类型：