从事野外标本采集，采集资讯建档整理、物种鉴定、查对学名等经常性工作。此外，近年来更加紧进行典藏标本数字化档案之制作，典藏目录整理编订等任务。

为维护标本典藏品质，本馆标本典藏室内采用活动式轨道标本柜，估计约可供容纳 200 万份标本。并不定期进行设施改善。

与国内外其它标本馆进行复份标本交流工作，以充实本馆典藏内容。

进行台湾高等维管束植物之系统分类研究，并不定期发表相关学术论文。

协助本所各单位及外界植物之调查及鉴定工作。

馆内目前典藏微缩影片，内容包括欧洲数家标本馆之标本及模式标本影像资料，以及许多植物研究及植物分类学相关之期刊文献翻拍影像资料，并建置线上目录查询供各界人士查阅。

搜集典藏植物分类相关书籍、各国植物志、植物图鉴及植物系统分类专书等参考书籍。

本馆提供植物分类之相关研究人士查阅标本，及学校团体参观教学服务。学校团体如欲参观，需事先来函申请，以便安排参观事宜。(对于一般游客，暂不考虑开放，敬请见谅)。

本馆提供全国各机关、学校及社会人士有关植物标本之鉴定服务。如需此项服务者，请将欲鉴定之标本 ( 以花、果、叶齐全之新鲜标本为佳 ) 以包裹或信函邮寄，并注明采集时间、地点、海拔，本馆将以最快速度回复。 (本馆通常并不会将鉴定标本寄还，故请先行编号记录，以便答复。)