自1985年PCR技术问世以来，此技术已广泛应用于医学诊断学、法医学、考古学、农牧学等多门学科。由于技术的高度敏感性故从样品制备到结果的产生 每个环节的操作不慎都会导致结果的假阳性。
PCR的特点决定了进行反应的DNA须是实验者所加的模板所以应该在一个没有污染的干净环境中进行。在医学上当诊断涉及伦理道德方面的疾病时可能还会遇到纠纷和官司。在进行食品的转基因成分检测时由于污染可能导致错误的检测报告。
污染问题和进行没有污染所要求的洁净度之间的关系被比喻成操作病原体与好的微生物技术之间的关系与微生物技术不同的是“生物危害”主要是对PCR而非操作者本人。因而这种干净的环境是任何以PCR为基础的分析系统所需要的不管其处理的样品数量如何。