学院现有22个内设机构，其中：机关职能部门及直属单位14个，分院（系、部）8个。2018年5月26日在浙江省对口援助和阿克苏地委行署大力支持下成立南疆发展研究院，下设九所一室，研究团队180余人。2018年4月由浙江省援疆指挥部出资500万元成立“万亩亿元增收工程技术中心”暨阿克苏地区食用菌（黑木耳）技术研发中心建设项目，工程技术中心定位为技术研发和农民技术培训，下设工程技术部、研究开发部、技术管理部、中试生产部、技术推广服务部。2018年7月设立法律援助工作站，集理论教育、实践教学、法律援助为一体，面向全体师生和社会提供法律援助服务的公益组织。