进行详实注释。该书根据经、史、子、集以及各种方志、笔记、杂著，对李贽著作中涉及的思想观点和术语，有关事件和人物以及典章制度、地理沿革、历史传说等，都尽力予以详细注解。如对《焚书》、《续焚书》的注释，既参考了万历四十年（1612年）陈大来《李卓吾先生遗书》、明末海虞顾大韶校刊本《李温陵集》等，又征引了和李贽关系密切的士人的文集、诗集以及晚明与清代其他士人的有关论述。
纠正版本错误。李贽著作有多种版本流传，其中多有错讹。作者在注释时尽量选用较精的版本为底本，并参照其他版本与相关资料予以校勘，辨证纠谬。比如，对《续藏书》的注释及书后附录的《〈续藏书〉注释札记》一文，纠正底本中人名、地名、官名、年代（干支）、字句方面的错误就有100多处。