台北市政府社会局为使智能障碍者及多重障碍者能获得适当照顾，于民国71年7月成立本院，提供智能障碍者教养、医疗保健及技能养成训练等服务。民国86年时，为服务更多身心障碍者家庭，扩大服务人数，故除原本的永福院区外，又增建华冈院区。自103年11月起，本院永福院区委托天主教耕莘医疗财团法人永和耕莘医院经营管理，改名为“台北市永福之家”，期透过委外方式补充照顾人力，提供服务对象更优质的照顾模式，开启公立机构与民间单位公私协助的合作模式，并于105年华冈院区及永福之家通勤之服务对象转成住宿后，让本院及永福之家正式成为全日住宿式身心障碍机构。