吴丰昌同志长期从事环境基准与标准及污染控制的理论研究、技术研发和工程实践，在水质基准理论与方法、水质基准关键技术、湖泊污染治理工程应用方面取得了创新性成果，为中国水环境标准制修订、生态安全调查和重点流域污染综合整治等多项国家重点环保任务的实施提供了科技支撑。截至2017年，吴丰昌先后主持国家973项目、基金委重点项目、杰出青年基金、创新研究群体、国家环保公益重大项目和国家环境基准业务工作项目等10余项，担任国家环境基准业务化应用技术负责人，科技部重点领域创新团队和国家自然基金委创新研究群体学术带头人。获国家科技进步二等奖2项，省部级科技奖一等奖3项、二等奖2项，国家常识产权局中国专利优秀奖2项。