药理学系创立于浙江大学医学院建立之初，俞德章、卞如濂、章元沛、耿宝琴、方瑞英、郑秀凤、雍定国、杨秋火、周汉良、方理本、陈季强、魏尔清、唐法娣、谢强敏、陈忠教授等几代药理学家的努力，在药理学人才培养，以及在呼吸和抗炎免疫药理、神经药理学、分子药理学、肿瘤药理等研究领域，建立了具有特色的教学和科研体系，具有较强的教学和研究实力。 在国家改革开放后，药理学与其它学科一样，得到快速发展，发生了以下重要变化：
1981年成为硕士学位授权单位；
1994年起连续2期成为浙江省重点扶植学科；
1997年学科内建成2个部、省级重点实验室，包括国家食品药品监督管理局浙江呼吸药物研究实验室和浙江心脑血管、神经系统药物筛选和中药新药开发及评价重点实验室；
2011年成为教育部生殖遗传重点实验室组成单位。
目前主要有呼吸和抗炎免疫药理学、神经药理学、分子药理学和肿瘤药理学四大研究方向。近五年来，共培养博士后6人，研究生65人，授予博士学位24人，授予硕士学位41人；共发表SCI学术论文80篇以上；出版科技著作8部；承担科研课题52项（其中国家级42项），每年科研总经费超过800万元；获省部级奖励2项。目前在培研究生26余人；承担各类科研课题30项（其中国家级课题25项），科研总经费达4000余万元。学科设有博士后流动站，常规接纳博士后研究人员。
目前药理学系负责人为吴希美教授，该学科现有教师10人，其中正高5人包括吴希美教授、王秀君教授、应颂敏教授、胡薇薇教授、杨帆研究员；副高5人包括张纬萍副教授、卢韵碧副教授、汤慧芳副教授、张世红副教授和来利华副教授；技术员7人；博士后3人。