三头龙王者基多拉从地底的长眠中苏醒，它召唤所有隐藏在世界各地的巨大怪兽跟着它一起苏醒，全球陷入山崩地裂的末日景象；长期蛰伏在深海底的哥吉拉也感受到它的邪恶力量，它正面迎战王者基多拉。

正当两大怪兽为地球的霸权而战时，擅长飞行的拉顿与摩斯拉也出现在天际，它们是敌是友？而一路追踪古老神秘生物的“君主组织”这次也将动员所有的军事力量，这一次，不再只是怪兽争霸战，人类也加入战局，为人类的最后存亡付出一己之力。

究竟哪几头怪兽会保护人类免于灭绝，又是哪几头要将人类消灭？哥吉拉最强悍的宿敌之一：三头龙基多拉与哥吉拉正面对决，狂暴与冲突场面绝对能创下怪兽电影的新经典。